จากการสำรวจสถานภาพแนวปะการังใน พ.ศ. 2563 พบว่า มีแนวปะการังทั้งหมด 149,025 ไร่ อยู่ในฝั่งอ่าวไทย 75,660 ไร่ และฝั่งอันดามัน 73,365 ไร่ นั้น ส่วนใหญ่อยู่ในสถานภาพสมบูรณ์ปานกลาง ซึ่งมีสัดส่วนใกล้เคียงกับสถานภาพสมบูรณ์ดี-สมบูรณ์ดีมาก คือ ร้อยละ 37.2 และ 32.9 ตามลำดับ เมื่อเปรียบเทียบสถานภาพปะการังช่วง พ.ศ. 2562 กับ พ.ศ. 2563 พบว่า สถานภาพแนวปะการังมีแนวโน้มเสื่อมโทรมลงเล็กน้อย โดยจังหวัดที่มีแนวปะการังมากที่สุด คือ จังหวัดสุราษฎร์ธานี 36,170 ไร่ รองลงมาคือ จังหวัดพังงา 26,126 ไร่ สำหรับฝั่งทะเลอันดามัน พบว่า ส่วนใหญ่มีแนวปะการังสถานภาพสมบูรณ์ปานกลาง ร้อยละ 34.6 รองลงมา มีสถานภาพสมบูรณ์ดี-สมบูรณ์ดีมาก ร้อยละ 33.4 และสถานภาพเสียหาย-เสียหายมาก ร้อยละ 32.2 ตามลำดับ ส่วนฝั่งอ่าวไทย พบว่า ส่วนใหญ่มีสถานภาพแนวปะการังสมบูรณ์ปานกลาง ร้อยละ 39.8 รองลงมาคือ สถานภาพสมบูรณ์ดี-สมบูรณ์ดีมาก ร้อยละ 32.4 และสถานภาพเสียหาย-เสียหายมาก ร้อยละ 27.8 ตามลำดับ ซึ่งแหล่งที่มีแนวปะการังขนาดใหญ่ที่ถือว่าอยู่ในสภาพสมบูรณ์ที่สุดของประเทศ คือ บริเวณหมู่เกาะอาดัง-ราวี สำหรับแนวปะการังที่อยู่ในสภาพเสียหาย-เสียหายมากอยู่ในจังหวัดพังงาและจังหวัดตราด  (กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง, 2564)

          จากการศึกษาสถานภาพปะการังในบริเวณทะเลฝั่งอ่าวไทยและอันดามันทั้งหมด 222 สถานี ใน พ.ศ. 2563 พบว่า ในหลายพื้นที่มีการเปลี่ยนแปลงสถานภาพของแนวปะการังมีแนวโน้มเสื่อมโทรมลงเล็กน้อย ปัญหาหลักที่ยังคงเกิดขึ้นกับแนวปะการังในประเทศไทย นอกเหนือจากปัญหาที่เกิดจากปัจจัยตามธรรมชาติดังเช่นปรากฎการณ์ปะการังฟอกขาวและพายุปาบึกแล้ว ยังคงมีปัญหาภัยคุกคามที่เกิดจากการกระทำของมนุษย์โดยปัญหาที่ก่อให้เกิดผลกระทบอย่างชัดเจน ได้แก่ การลักลอบทำการประมงใกล้แนวปะการังหรือในแนวปะการังตามเกาะที่อยู่ห่างไกล ตะกอนจากการพัฒนาชายฝั่ง เช่น การก่อสร้างที่มีการเปิดหน้าดิน การขุดลอกพื้นที่ชายฝั่งเพื่อกิจการต่างๆ การลักลอบปล่อยน้ำเสียลงทะเล การทิ้งขยะลงทะเล การลักลอบเก็บปะการังและจับปลาสวยงามเพื่อการค้า การลักลอบรื้อปะการังที่อยู่ติดหาดเพื่อให้เป็นพื้นทรายสำหรับให้นักท่องเที่ยวลงเล่นน้ำหรือการขุดลอกแนวปะการังให้เป็นร่องน้ำ การท่องเที่ยวในแนวปะการัง หรือผลกระทบที่ก่อให้เกิดความเสียหายจากนักท่องเที่ยวประเภทดำผิวน้ำ (Skin Diving) ปัญหาที่เกิดจากการดำน้ำท่องเที่ยว Sea walker และ Try dive การยืนเหยียบปะการัง การเดินเหยียบย่ำและพลิกปะการังเพื่อหาสิ่งมีชีวิตต่างๆ เช่น หอย หมึกยักษ์ ปลิงทะเล การรั่วไหลของน้ำมันลงทะเล การชะล้างน้ำมันจากเรือประมง และการปล่อยน้ำทิ้งจากเรือนำเที่ยว เป็นต้นน้ำทิ้งจากชายฝั่ง อาทิ บริเวณเกาะเต่า เกาะพะงัน เกาะสมุย อย่างไรก็ตาม ผลกระทบที่ก่อให้เกิดผลเสียหายอย่างรุนแรงเป็นพื้นที่กว้างครอบคลุมเกือบทั่วประเทศ คือ ผลกระทบจากการเกิดปะการังฟอกขาวใน พ.ศ. 2553 (กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง, 2564)